Po arhitekturi Morača pripada grupi najstarijih crkava raške škole. Građena je po uzoru na Studenicu, Žiču i Mileševu. Zidana je sigom, a portali su rađeni od domaćeg sivog mermera vađenog nedaleko od manastira. Crkva je jednobrodno zdanje sa uzvišenom kupolom iznad centralnog dela.
Morača ima i nešto sačuvanih skulptoralnih ukrasa, figuralnim predstavama nevešto je ukrašen glavni ulaz u crkvu. U unutrašnjosti takođe ima uklesanih ukrasa koji samo nagoveštavaju da je provobitna građevina, verovatno, imala bogatu skulptoralnu dekoraciju. Klesanjem je posebno ukrašen sarkofag od kamena u kome počiva graditelj crkve knez Stefan.
Fresko slikarstvo veoma dobro je očuvano. Prvobitne freske iz XIII veka, postoje u fragmentima u oltaru. Među njima su poznate scene iz života proroka Ilije. Čuvena je kompozicija „Gavran hrani proroka Iliju“. Ona predstavlja remek delo srednjovekovnog srpskog fresko slikarstva. Zidne slike iz kasnijeg perioda XVI i XVII veka, prekrivaju najveći deo zidnih površina crkve. Rad su nekoliko slikara, a najpoznatiji su Georgije Mitrofanović i slikar Jovan, najveći i najpriznatiji srpski slikar XVII veka.
